950 agentů za 21 hodin: Claude našel v bakteriofágech neznámý systém podobný CRISPR
Anthropic oznámil, že agenti Claude prošli přes 200 tisíc reverzních transkriptáz a objevili dosud nepopsaný enzymový systém ART. Laboratoř nález potvrdila, jeho biologická funkce ale zůstává neznámá.
Foto: Unsplash / Louis Reed
Tento článek vznikl zpracováním veřejně dostupných zdrojů pomocí AI nástrojů. Každý text se snažím přečíst a věcně zkontrolovat, ale ne vždy to zvládnu. Prosím, berte na to ohled a informace si ověřujte v původních zdrojích (níže).
Tento článek vznikl zpracováním veřejně dostupných zdrojů pomocí AI nástrojů. Každý text se snažím přečíst a věcně zkontrolovat, ale ne vždy to zvládnu. Prosím, berte na to ohled a informace si ověřujte v původních zdrojích (níže).
Agenti Claude objevili v DNA bakteriofágů dosud nepopsaný enzymový systém, který svou stavbou připomíná CRISPR. Anthropic ho 23. září představil pod názvem ART (array-associated reverse transcriptases). Od zadání k nálezu uběhlo 21 hodin.
Jak to proběhlo
Tým Anthropicu pro life sciences zadal agentům prohledat velkou databázi DNA sekvencí a najít zajímavé příklady reverzních transkriptáz, tedy enzymů, které přepisují RNA zpět do DNA. Na úloze pracovalo zhruba 950 agentů a spotřebovali asi 210 milionů tokenů. Prošli přes 200 tisíc enzymů, vybrali 3 500 kandidátních systémů a zúžili je na 20 nejslibnějších.
Jeden z agentů si všiml vzoru: vedle neobvyklého genu pro reverzní transkriptázu ležela řada pravidelně se opakujících úseků DNA, podobná polím, podle kterých dostal CRISPR jméno. Claude pak provedl srovnávací analýzu a rešerši literatury a nález předal lidem k ověření.
📚 CRISPR (a proč se hledají jeho příbuzní)
CRISPR je původně obranný systém bakterií proti virům. Bakterie si do svého genomu ukládá krátké úseky virové DNA mezi pravidelné opakující se sekvence a podle nich pak útočníka pozná a rozstřihne. Vědci tento mechanismus přetvořili v nástroj pro přesnou úpravu genů, za což Jennifer Doudna a Emmanuelle Charpentier dostaly v roce 2020 Nobelovu cenu. Každý nově objevený systém podobného typu je potenciálně nový nástroj pro genetické inženýrství, proto po nich biologové systematicky pátrají.
Co je potvrzené a co ne
Vědci Anthropicu podle firmy nález ověřili v laboratoři. Proteiny exprimovali v běžných bakteriálních kmenech a provedli biochemickou a strukturní charakterizaci. Zjistili, že se pole ART přepisují do krátkých RNA, což naznačuje podobnost s programovatelnými CRISPR systémy. Výsledek podpořil Feng Zhang z MIT a Broad Institute, jeden z průkopníků CRISPR, který ho označil za „vzrušující příklad toho, jak mohou AI agenti přispět k biologickým objevům“.
Klíčová otázka ale zůstává otevřená. Jak upozorňuje Gizmodo, Anthropic zatím neví, k čemu systém v přírodě slouží ani jestli se dá využít jako nástroj. Nález zatím nevyšel v recenzovaném časopise a jediným zdrojem detailů je blog samotné firmy.
Proč na tom záleží
Zajímavější než samotný enzym je způsob práce. Prohledat stovky tisíc sekvencí a rozpoznat v nich neobvyklý vzor je práce, která podle Anthropicu běžně zabere expertům týdny až měsíce. Agenti ji zvládli přes noc a lidé nastoupili až ve fázi ověřování. Pokud se ukáže, že ART má praktické využití, půjde o názorný případ, kdy AI výzkum nejen urychlila, ale sama přišla s hypotézou, kterou pak potvrdila laboratoř.
Zdroj obrázku: Unsplash / Louis Reed